Pierwotny kościół wzmiankowano w 1194 r. Budowę obecnej gotyckiej świątyni rozpoczęli w 1344 r. joannici z inicjatywy arcybiskupa praskiego Arnošta z Pardubic, który w młodości uczył się w Kłodzku. Po zastoju w czasie wojen husyckich budowę wznowiono w 2. poł. XV w., w latach 1462-68 powstała wieża południowa, zwaną Białą, w 1487 r. rozpoczęto budowę północnej zwanej Czarną, która nie została dokończona. W 1562 r. świątynię przejęli protestanci, a w 1624 r. jezuici, którzy dostawili w latach 1655-89 barokową zakrystię i kaplicę Zmarłych. Wewnątrz znajduje się późnobarokowe wyposażenie z ołtarzem głównym z lat 1727-29 wg proje