Pierwotny gotycki kościół zbudowali franciszkanie ok. 1350 r. Na pocz. XVI w. wskutek reformacji zakon opuścił Kłodzko, z kościoła zostało tylko prezbiterium, zamienione na kaplicę cmentarną. Po powrocie franciszkanów w 1604 r. rozpoczęto budowę obecnej barokowej świątyni w latach 1628-31, którą zakończono w 1697 r. Budowla została przebudowana przez M. von Frankenberga w 1711 r. Po sekularyzacji zakonów w 1810 r. kościół stał pusty, w 1820 r. urządzono w nim katolicki kościół garnizonowy. Od 1945 r. ponownie objęli go franciszkanie. Do kościoła prowadzi bogaty portal barokowy, w niszach elewacji stoją XVIII-wieczne figury. We wnętrzu znajduje się neorenesansowe i eklektyczne wyposażenie z XIX w. oraz późnobarokowy prospekt organowy z końca XVIII w. Na stropie i ścianach znajdują się XVIII-wieczne freski. Do kościoła przylega barokowy klasztor franciszkanów, wzniesiony w latach 1678-1731. W latach 1820-1945 w budynku ulokowano szpital wojskowy. Wewnątrz znajduje się refektarz z freskami z 1744 r., pędzla Feliksa Antoniego Schefflera.